À la Biennale de Venise 2005, Marie Chouinard crée bODY_rEMIX/les_vARIATIONS_ gOLDBERG, qui connaît un grand succès dès la première. Dans cette pièce, les 10 interprètes de la compagnie apparaissent souvent sur pointes : sur une, deux et même quatre à la fois et s’approprient différents supports – béquilles, cordes, prothèses, barres  horizontales, harnais – donnant lieu à des formes corporelles et à des dynamiques gestuelles inusitées qui font écho, dans leur labeur, leur plaisir et leur invention, à la condition humaine. « Chouinard et ses excellent.es interprètes en arrivent à une méditation virtuose sur la beauté et la fragilité du corps humain. » (Tagesspiegel, Berlin)

La même année, Marie Chouinard crée, à l’occasion des dix ans de Carol Prieur au sein de la compagnie, le solo MOUVEMENTS, soixante-quatre dessins, un poème, une postface par Henri Michaux, Éditions Gallimard 1951. La chorégraphe a procédé à un décryptage des dessins de l’artiste, faisant danser ces « mouvements à jets multiples, fête de taches, gammes de bras » par Carol Prieur. « Un moment de partage privilégié… [une] apothéose. » (La Presse, Montréal) « …démontrent que le souffle créateur de Marie Chouinard est encore loin d´ être tari. » (Radio-Canada, Montréal)

En 2007, la compagnie emménage dans son espace, L' Espace Marie Chouinard, au 4499, avenue de l’Esplanade à Montréal.

La COMPAGNIE MARIE CHOUINARD a présenté depuis sa création plus de 1000 spectacles sur toutes les scènes du monde, dans les plus prestigieux festivals internationaux et les plus grands théâtres. Elle obtient des coproductions avec les grands noms du monde des arts tels que La Biennale de Venise, ImPulsTanz de Vienne et le Théâtre de la Ville à Paris, la Fondation Gulbenkian à Lisbonne, le Movimentos Festwochender Autostadt à Wolfsburg, la Fondazione Musica Per Roma à Rome ainsi qu’avec le Festival TransAmériques, la Place des Arts et le Centre National des Arts. La COMPAGNIE MARIE CHOUINARD a souvent l’honneur d’ouvrir ou de clore les festivals, et est régulièrement invitée à présenter plus d’un programme de son répertoire. Elle offre encore aujourd’hui le Sacre du printemps, œuvre phare créée il y a 15 ans. Une autre pièce de Marie Chouinard, Les 24 préludes de Chopin a été intégrée au répertoire du Ballet National du Canada à Toronto en 2008.

Depuis quelques années, Marie Chouinard crée les scénographies et les éclairages de ses chorégraphies et en réalise les photographies. L’opus de Marie Chouinard compte également des oeuvres multimédia (l’installation  interactive Cantique no 3, l’installation vidéo Icônes, créée avec Luc Courchesne) et cinématographiques (le film bODY_rEMIX/les_vARIATIONS_gOLDBERG). Marie Chouinard a également écrit un recueil de poésie, Chantier des extases, publié chez les éditions du passage, et elle a fait une apparition dans le film Folle de Dieu du cinéaste Jean-Daniel Lafond.

Marie Chouinard a été nommée Officier de l'Ordre du Canada en 2007 et elle reçoit en 2009 le grade de Chevalier de l'Ordre des Arts et des Lettres de la France. Elle a reçu plusieurs prix soulignant sa contribution au monde de la danse et des arts : en 2006, le Grand Prix du Conseil des arts de Montréal ; en 2003, le Prix du gouverneur Général du Canada pour les arts de la scène ; en 2000, un «Bessie Award» à New York et en 1994 le «Paper Boat Award» à Glasgow.