En 2000, Le Cri du monde, est une bouleversante étude sur le morcellement morphologique. « Le Cri du monde est un chef-d’œuvre. Un triomphe pour Marie Chouinard et sa troupe extraordinaire. » (The Globe and Mail, Toronto).

En 2001, Marie Chouinard signe Étude no 1, un solo pour Lucie Mongrain, sur une musique originale de Louis Dufort, traitée en temps réel. « Un spectacle déstabilisant avec des passages troublants, interprété par une superbe danseuse... » (Die Presse, Vienne) « Un authentique chef-d’œuvre. » (24 Heures, Lausanne)

En 2003, Marie Chouinard crée Chorale, un univers festif articulé autour de la notion de sexualité et de divinité. « Chorale ... l’une de ses meilleures pièces. » (Ballettanz, Berlin)

En 2003, elle réalise également son premier film, Cantique no 1. « Remarquable. »  (The Dance Current, Toronto) À partir de la même banque d’images, elle crée le film multiécran Cantique no 2, « nous voici devant une création totalement accomplie... On réinvente ici la fugue à huit voix dans une perfection qui rendrait un Jean-Sébastien Bach jaloux. » (Le Devoir, Montréal), et, en 2004, l’installation participative Cantique no 3, « joue sur une simplicité d’accès et une lecture immédiate ... se révèle d’une violence inouïe. » (Le Monde, Paris)