2016 : Prix de la meilleure oeuvre internationale pour le film MARIE CHOUINARD : LE SACRE DU PRINTEMPS, XXe édition du Festival de vidéodanse "Coreografo Elettronico"

2016 : Prix Walter-Carsen d'excellence en arts de la scène

2016 : Prix Positano "Chorégraphe de l'année"

2016 : Prix du Gouverneur général pour les arts du spectacle - réalisation artistique

2015 : Ordre national du Québec

2015 : Ordre des arts et des lettres du Québec

2014 : Prix Culturel Samuel de Champlain

2012 : Prix du Conseil des arts et des lettres du Québec pour la meilleure chorégraphie pour LE NOMBRE D'OR (LIVE)

2012 : Médaille du jubilé de diamant de la Reine Elizabeth II

2011 : Le nom Marie Chouinard fait son entrée dans Le Robert

2010 : Le nom Marie Chouinard fait son entrée dans Le Petit Larousse illustré

2010 : Prix du Québec - Prix Denise-Pelletier 

2010Prix du Mérite artistique de la Fondation Imperial Tobacco décerné à la COMPAGNIE

2009 : Grade de Chevalier de l'Ordre des Arts et des Lettres (France)

2009 : Gemini Award aux danseurs de la COMPAGNIE pour leur performance dans le film bODY_rEMIX/les_vARIATIONS_gOLDBERG, réalisé par Marie Chouinard

2007 : Officier de l´Ordre du Canada

2006 : Grand Prix du Conseil des arts de Montréal

2006 : Prix Archangel au Festival d’Edimbourg pour l’opéra Les 7 Péchés capitaux, mis en scène par François Girard et chorégraphié par Marie Chouinard

2003 : Prix du Gouverneur Général du Canada pour les arts de la scène (Prix du Centre national des Arts, Ottawa) 

2003 : Moving Pictures Festival of Dance on Film and Video, Toronto, prix de la meilleure interprétation pour la performance de Carol Prieur et Benoît Lachambre dans le film Cantique no 1, réalisé par Marie Chouinard 

2003 : Prix de la Société des auteurs et compositeurs dramatiques (SACD), Paris.

2000 : Bessie Award for sustained achievement, New York

1994 : Paper Boat Award pour le Sacre du printemps, Glasgow, Écosse

1987 : Prix Jean A. Chalmers de chorégraphie

1986 : Prix Jacqueline-Lemieux

1981 : Studio du Québec à New York (Gouvernement du Québec), première récipiendaire